A Lyme borreliosis az egész szervezetet érintő sajátos lefolyású betegség, amely ismereteink növekedésével folyamatosan gazdagszik korábban ismeretlen eredetű kórképekkel, tünetegyüttesekkel. Diagnosztizálásánál csak gyógykezelése vitatottabb napjainkban is. Ennek kezdetben elégségesnek látszó magyarázatát adták a kórokozó, a Borrelia burgdorferi megismert változásai. A változások laboratóriumi módszerekkel, de klinikai utánkövetéssel is észlelhetők. Ráadásul egyszerre több altörzs is okozhatja a szervezet károsodását. Ezek származhatnak egyetlen csípésből, vagy egy újabb, friss csípéssel kerülnek a szervezetbe.
Immunológiai szempontból a borreliák úgynevezett „teflon paraziták”, vagyis gyakorlatilag alig van felszíni antigénjük, illetve a fehérvérsejtek membrán-köpenyét tekerik több rétegben magukra. Így elérhetetlenné válnak a szervezet védekező rendszerei számára, de az antibiotikumokat is ennek, valamint azok iránti eltérő érzékenységük ismeretétől függően kell alkalmazni.
Fontos ismeret, hogy a többi kórokozóhoz hasonlóan a Borrelia burgdorferi is alkalmazkodik az elégtelenül alkalmazott antibiotikumokhoz. Erre különösen akkor van jó lehetősége, amikor az egyidejűleg fennálló más fertőzést antibiotikummal kezeljük, mert ez a Borréliákra rendszerint részleges hatású. Ezért csak a betegnél előzetesen alkalmazott antibiotikumokról szerzett részletes ismeretek birtokában tervezzük meg a beteg kezelését. Hatástalanság esetén antibiotikumot kell váltani, vagy vagy a tünetektől függően mielőbb egy másik antibiotikummal újabb kezelést kell végezni.
Eredményes kezeléskor a széteső kórokozók hatására a tünetek néhány napig súlyosbodhatnak, akár a szerológiai válaszreakciók is kifejezettebbek lehetnek.